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臨床検査技師の就職先には、大きく分けて病院やクリニックなどの医療機関、医療機関から検体検査を依頼される衛生検査所、健康診断などを行う健診センター、献血していただいた血液を担当する血液センターなどがあります。医療機関として具体的には総合病院や大学病院、整形外科や産婦人科などの専門病院、クリニックなどが挙げられます。このほか、医療機器企業、製薬および関連企業などもあります。
大学附属病院や総合病院をはじめとした病院
臨床検査技師の就職先として最もメジャーなのが病院です。規模が大きく施設が整った大学附属病院や総合病院では、検査施設も大きく、多くの臨床検査技師が働いています。医療チームの一員として、医師の指示の下、決められた臨床検査を行います。
クリニック（一般診療所）
病床をもたない（もしくは19床以下）小規模の診療所も臨床検査技師の就職先のひとつとして挙げられます。クリニックの場合、臨床検査技師は少人数で、一人に求められる業務も多岐にわたります。クリニックに勤務し、在宅医療（訪問診療）に携わる臨床検査技師も多くいます。
衛生検査所（臨床検査センター）
医療機関以外では、臨床検査センターも臨床検査技師の主要な就職先となっています。検査設備をもたない小規模病院やクリニックから、血液や尿、細胞などの検体を預かって、検査を代行します。
健診センター
健康診断（健診）を行う専門施設である健診センターも臨床検査技師の就職先のひとつです。病院とは異なり、予防医療を担っている重要な医療施設で、臨床検査技師は健診項目となっている検査を行います。
血液センター
献血していただいた血液の検査と品質管理が主な仕事になります。また、輸血用血液として血液製剤にかかわる業務なども担います。
また、2021年の法改正により、採血を行う際に静脈路を確保し、当該静脈路に血液成分採血装置を接続する行為、当該血液成分採血装置を操作する行為並びに当該血液成分採血装置の操作が終了した後に抜針及び止血を行う行為を臨床検査技師も行えるようになったので、このような業務を行うこともあります。
医療機器企業
医療機器メーカーに就職した場合、アプリケーションスペシャリストと呼ばれる営業支援が主な業務になります。アプリケーションスペシャリストは自社の医療機器の使用を検討している病院やクリニックなどの医療機関において、製品の説明や実演などを行う仕事です。
製薬企業
新薬および医療機器開発において、さまざまな法律やルールを守って、治験が適切に実施されていることを確認（モニタリング）し、治験データを回収する臨床開発モニター（CRA）として、臨床検査技師が必要とされています。ただし、採用基準は非常に厳しく、高い専門性が求められます。
医薬品開発業務受託機関（CRO）
医薬品開発において、製薬メーカーが行う治験（新しい医薬品の使用承認を受けるため、人に適用する臨床試験）にかかわる業務を代行・支援する企業です。ここでは、医療機関が適切に治験業務を行っているかどうかを監視・確認する、臨床開発モニター（CRA）という仕事を行います。
治験施設支援機関（SMO）
製薬メーカーから医薬品開発の治験業務を依頼された病院と契約し、新薬を人に適用する治験業務を支援する企業です。臨床検査技師として、被験者や医師、治験依頼者らの間に入って全体を調整する、治験コーディネーター（CRC）という仕事になります。
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